Mor gynnar â 1893, roedd Canon Lewis wedi dechrau gwneud ymholiadau ynglyn â phrydlesu darn o dir ar gyfer ystafell genhadol yn y Gelli ac, ym mis Ionawr 1895, prynodd dir mewn stryd gefn oddi ar Heol y Gelli. Yn disgwyl cefnogaeth gan Ystâd Crawshay Bailey, gwnaeth gais am dir ychwanegol a chomisiynodd bensaer, Mr Jacob Rees, i baratoi cynlluniau ar gyfer eglwys newydd. Fodd bynnag, ni chafodd y gefnogaeth roedd yn gobeithio amdani a chafodd ei orfodi i roi'r gorau i'w gynlluniau. Yna, ym 1896, prynodd y Ficer ystafell genhadol yn Ystrad Terrace ar ôl i'r deiliaid blaenorol, Methodistiaid Calfinaidd Cymru, symud i adeilad newydd ar Heol Tyisaf. Daeth yr adeilad hwn yn Eglwys Genhadol Sant Marc y Gelli, dan reolaeth y Capten J.R. Davies o Fyddin yr Eglwys. Ym 1900, lluniodd Canon Lewis gynlluniau ar gyfer ehangu'r ystafell genhadol a'i throi'n eglwys. Yn y pen draw, penderfynodd roi'r gorau i'r cynlluniau hyn am ei fod eisiau adeiladu eglwys fwy nag yr oedd y cynlluniau hyn yn caniatáu; eglwys a fyddai'n dal 350 o bobl.
Yn ddiweddarach ym 1903, prynodd Canon Lewis y tŷ pen ar Union Street (a ddefnyddiwyd fel Ysgol Sul ac i gynnal cyfarfodydd yr eglwys) gyda'r bwriad o adeiladu eglwys ar safle'r ystafell genhadol a'r tŷ. Roedd problem gyfreithiol yn golygu bod rhaid ildio'r prydlesi cyfredol ar y ddau safle hwn a chael trwydded i adeiladu eglwys ar y safleoedd. Gofynnodd Canon Lewis am help Ystâd Crawshay Bailey i wneud y trefniadau hyn. Fodd bynnag, roedd rhaid i ymddiriedolwyr yr Ystâd fod yn fodlon bod yna angen am eglwys newydd yn yr ardal a bod y Canon Lewis yn gallu sicrhau'r cyllid i adeiladu a chynnal yr adeilad. Am hynny, mi lwyddodd i gael trwydded 99 mlynedd tan fis Gorffennaf 1905. Unwaith eto, paratôdd Jacob Rees gynlluniau ar gyfer yr eglwys newydd a hysbysebwyd tendrau ar gyfer yr adeilad newydd yn y wasg. Derbyniwyd dyfynbrisiau o rhwng £1,342 a £2,172 ar gyfer yr adeilad. Fodd bynnag, daeth y Canon Lewis yn erbyn anawsterau pellach. Ni chafwyd cymaint o roddion â'r disgwyl, gydag o leiaf un darpar gyfrannwr yn amau a oedd angen eglwys arall mewn ardal a oedd eisoes yn cael ei gwasanaethu gan eglwysi Dewi Sant a Sant Pedr. Hefyd, cafodd ei gais am grant gan y Gymdeithas Gorfforedig i hyrwyddo Ehangu ac Atgyweirio Eglwysi a Chapeli, ei wrthod ym mis Mai 1905 oherwydd amodau'r brydles ar yr eglwys. Ar ôl i'w gais i Ystâd Bailey i brynu rhydd-ddaliad y tir gael ei wrthod, derbyniodd o'r diwedd y byddai'n rhaid iddo gyfaddawdu a chael eglwys lai a rhatach na'r un a fwriadwyd. Unwaith eto, rhoddodd y gorau i'r cynlluniau hynny a lluniodd gynlluniau newydd ar gyfer ehangu'r ystafell genhadol gyfredol. Derbyniwyd tendr o £310 gan Messrs' Blacker Brothers, Caerdydd, gyda'r gost derfynol yn codi i £360. Pan gafodd y gwaith ei gwblhau, dychwelodd y gynulleidfa o'i chartref dros dro yn yr ysgolion yn Dorothy Street i'w heglwys newydd, a oedd yn dal 120 o bobl. Yn ddiweddarach ym 1920, ymunodd Eglwys Sant Marc ag Eglwys Dewi Sant, Ton Pentre, i ffurfio un plwyf. Caeodd Eglwys Sant Marc ym 1987.